काठमाडौं उपत्यकाको पश्चिममा अवस्थित एक प्रसिद्ध बौद्ध मन्दिर (स्तूप) हो । यसलाई महाचैत्य पनि भनिन्छ । उपत्यकामा पानी भरिएको बेलामा यहाँ बिपस्वी बुद्ध आएर तीनपल्ट वरिपरीको पहाडमा घुमेर नागार्जुनको टुप्पोमा बसि तपस्या गरेका थिए ‘त्यसपछि बैशाख पूर्णिमाको दिन कमलको बीउ दक्षिण फर्कि ‘मन्त्र गरि दहमा रोपेका थिए । अर्को सालको बैशाख पूर्णिमाको दिन कमलको फूल उम्रेको जसमा पञ्चरश्मि सहित स्वयम्भु महाचैत्यको उत्पति भएको मानिन्छ। स्वयम्भूनाथको स्तुप काठमाडौँमा अवस्थित छ।

संस्कृतबाट स्वयम्भूको अर्थ स्वयं उत्पत्ति भएको भूमि भन्ने बुझिन्छ। काठमाडौं उपत्यकाको स्थापना र नेपालको ईतिहासमा पनि यसको ठूलो भूमिका रहेको छ। भगवान मन्जुश्रीले पनि काठमाडौंको स्थापना गर्नु अघि यो भूमिमा बसेर तपस्या गर्नु भएको उल्लेखित पुरानो ग्रन्थहरूमा पाईन्छ। नेवारीबाट स्येँको अर्थ स्वयं,गुँको अर्थ वनबाट स्येँगु र यसै शब्दलाई पछि स्वयम्भू भनि आएको हो।

किम्बदन्ती

स्वयम्भु पुराण अनुसार, पहिले उपत्यका ठूलो तालको रुपमा थियो जसबाट कमलको फूलको उत्पत्ति भएको थियो । त्यस पछि यसको नाम स्वयम्भू रहन गएको हो जसको अर्थ हो “स्वयं उत्पत्ति भएको भूमि”। स्वयम्भुनाथलाई पर्यटकहरु (Monkey Temple) भनेर पनि संबोधन गर्छन्, किनकि मन्दिरको उत्तर–दक्षिण भेगतिर बादँरहरू पाईन्छन । बोधिसत्त्व मञ्जुश्रीले एकपटक स्वयम्भुमा कमलको फूल देख्नुभयो र त्यहाँ गएर पूजाआजा गर्नुभयो । उहाँले त्यहाँ मानिसहरुको राम्रो बसोबास हुन सक्ने देखेर उहाँले चोभारलाई काटेर काठमाडौको सबै पानी बाहिर पठाउनु भयो र हाल काठमाडौ उपत्यका रहन गएको हो र कमलको फूल भएको स्थान पहाडमा परिणत भयो र फूल स्वयम्भुनाथ स्तुपा रहन गयो ।